Regjistri i Objekteve

Bibliografi

Lloji i Aplikimit

EPO patents

Nënlloji i Aplikimit

EPO Patent

(10) Numri dhe Data e Regjistrimit

8510 2019.10.04

Status

Regjistruar

(180) Data e mbarimit të afatit

2036.06.23

(20) Numri dhe Data e Depozitimit

AL/P/2019/312 2019.05.06

(40) Numri dhe Data e Publikimit

2019.11.11

(86) Data dhe Numri Ndërkombëtar i Depozitimit

16734594.1 2016.06.23

Status

Regjistruar

Data dhe Numri Ndërkombëtar i Publikimit

EP3283647 2018.11.07

(30) Detajet e Prioritetit

(51) Klasat e KNP-së (IPC)

(SQ) 06; 12; 06

(71/73) Aplikanti

Aplikanti	Adresa
Trisomytest, s.r.o.	Ilkovicova 8

(72) Shpikës

Emri	Adresa
DURIS , Frantisek	Bratislavská 13 , 010 01 Zilina , SK
MINÁRIK, Gabriel	Záhumenice 783/78 , 951 48 Jarok , SK
BUDIS, Jaroslav	Bradácova 5 , 851 01 Bratislava , SK
SZEMES, Tomás	Studenohorská 73 , 841 03 Bratislava , SK

(74) Emri i Përfaqësuesit

Emri	Adresa
Pajtim Gjergjizi	Rr.Reshit Çollaku, Pall. Shallvare, Shk.5,Ap70/4 Tiranë , AL
Pajtim Gjergjizi	Rr.Reshit Çollaku, Pall. Shallvare, Shk.5,Ap70/4 Tiranë , AL

(54) Titull

METODE PER DETEKTIMIN JO-INVAZIV PARALINDES TE KROMOZOMIT FETAL ANEUPLOID NGA GJAKU MEMESOR

(57) Abstrakt

(58) Pretendime

Pretendim	Përshkrim
1	1. Metodë për përcaktimin e aneuploidit fetal të kromozomeve të interesit nga një mostër gjaku mëmsor që përmban një përbërje të molekulave pa qeliza të ADN të origjinës fetale dhe mëmsore, duke përfshirë kjo metodë: a) izolimin e ADN pa qelizë nga gjaku mëmsor; b) kryerjen e një renditjeje rastësore mbi të paktën një pjesë nga sasia e molekulave me ADN pa qeliza që përmbahen në gjak, pjesa që përmban ADN që i përket të paktën një kromozomi të interesit dhe një sasi prej të presupozuarave kromozome euploid, të cilat kanë sasi të renditjes së mbikqyrur; c) lokalizim i renditjes së mbikqyrur në gjenomin human të referencës, duke marrë prej tij sasi të gjurmës së lokalizuar; d) ndarjen e gjenomit human të referencës në fjalë në 1Mbp pasues dhe enë pa mbivendosje; e) përcaktimi i shpërndarjes së gjurmëve në enët në fjalë dhe gjithë kromozomeve sipas vend-ndodhjes së tyre në hartë; f) përcaktimi i vlerës fraksionale të enës FB si një shkallë e numrit të gjurmëve të hartëzuara në enë për kromozome të interesit në mostër ndaj numrit të gjurmëve të hartëzuara në enët e referencës së brendshme IRB; g) përcaktimi i mostrës së mjetit multinomial m (n) dhe devijimi standard multinomial σ(n); ku m(n) dhe σ(n) janë llogaritur për një variabël të cfarëdoshëm të përcaktuar si shkallë midis numrit të gjurmëve të lokalizuara në kromozomin e interesit mostër dhe shumën e gjurmëve të lokalizuara ndaj enëve të brendshme të referencës IRB, ku shpërndarja e probabilitetit të lokalizimit të gjurmëve në kromozomin e interesit dhe në enët e brendshme të referencës IRB është multinomial, dhe parametrat e shpërndarjes në fjalë multinomiale përcaktohen nga seti i trajnimit të mostrave euploide të gjakut; h) përcaktimi i vlerës rezultati-z si diferencë midis vlerës fraksionale të enës FB dhe mjetit multinomial m (n) pjesëtuar për devijimin e standardit multinomial σ(n); dhe i) duke krahasuar vlerën e rezultatit-z për të paktën një vlerë të shkëputur për të përcaktuar nëse ekziston aneuploidi për kromozomin e interesit; ku, si një prerekuizitë e hapave f)-i), kompleti i trajnimit të mostrave euploid të gjakut është objekt i të njëjtave procedura esencialisht që konsiston në hapat a)-e) më sipër dhe më tej kryhen hapat e mëposhtme: f’) përzgjedhja e autozomeve të brendshme të referencës IRA nga autozomet kandidate të brendshme të referencës mbi bazën e koeficientit të variacionit CV të tyre, ndërkohë që kromozomet potentialisht aneuploide janë përjashtuar; g’) përzgjedhja e enëve të brendshme të referencës IRB nga një algoritëm gjenetik nga dy komplete kandidate, kompleti i parë kandidat është vendosur nga enë të përzgjedhura në mënyrë rastësore, ndërsa enë që i përkasin kromozomeve potentialisht aneuploide janë përjashtuar, dhe kompleti i dytë kandidat është kompleti i enëve që i përkasin autozomeve me referencë më të mirë të brendshme IRA të përcaktuara në hapin e mëparshëm f’.
2	2. Metoda sipas pretendimit 1, ku kromozomi i interesit është kromozom 8, 9, 13, 16, 18, 21, 22 dhe X.
3	3. Metoda sipas pretendimit 1 ose 2, ku aneuploidi është trizomi i kromozomit 13, kromozomit 18 ose kromozomit 21.
4	4. Metoda sipas cdonjërit prej pretendimeve 1-3, ku kompleti i trajnimit të mostrave euploide të gjakut përmban mostra mashkull euploid dhe femër euploid.
5	5. Method according to any one of claims 1-4, further comprising size filtering step consisting in limitation of the size of reads acceptable for further processing.
6	6. Metoda sipas cdonjërit prej pretendimeve 1-5, ku në zgjedhjen autozomeve me referencë të brendshme IRA, për cdo kombinim potencial me referencë të brendshme është llogaritur koeficienti i variacionit CV, kombinimet kandidate me referencë të brendshme të autozomeve janë renditur sipas vlerës së tyre CV në rend rritës dhe më pas kombinimet me referencë të brendshme vlera e të cilave CV është më pak ose e barabartë me 1.1 shumëfish të vlerës totale më të ulët janë zgjedhur si IRA, ku preferueshëm njëqind të parat e këtyre kombinimeve jane zgjedhur si IRA për process të mëtejshëm.
7	7. Metoda sipas cdonjërit prej pretendimeve 1-6, ku në zgjedhjen e enëve me referencë të brendshme IRB nëpërmjet një algoritmi gjenetik, kompleti kandidat i parë është zgjedhur nga seti kandidat mbi bazën vlerave të tyre FB duke përdorur koeficientin e nivelit Student dhe në të njëjtën kohë mbi bazën e vlerave të tyre CV.
8	8. Metoda sipas cdonjërit prej pretendimeve 1-7 që përmban më tej përcaktimin e fraksionit fetal.
9	9. Metoda sipas pretendimit 8 që përmban më tej përcaktimin e gabimit të vlerës së fraksionit fetal.
10	10. Metoda sipas cdonjërit prej pretendimeve 1-9 që përmban më tej përcaktimin e numërimit minimal të gjurmës për parashikim të sigurt të aneuploiditit.
11	11. Produkt i programit të kompjuterit që përmban një mjet të lexueshëm kompjuteri që përmban një sasi udhëzimesh për kontrollin e sistemit komputerik për të kryer të gjitha hapat e metodës sipas cdonjërit prej pretendimeve 1-10 duke ndjekur hapin b) të kryerjes së radhitjes rastësore.
12	12. Metodë e implementuar në kompjuter për përcaktimin e aneuploidit fetal që përmban të gjitha hapat e metodës sipas cdonjërit prej pretendimeve 1-10 duke ndjekur hapin b) të kryerjes së radhitjes rastësore.