Regjistri i Objekteve

Bibliografi

Lloji i Aplikimit

EPO patents

Nënlloji i Aplikimit

EPO Patent

(10) Numri dhe Data e Regjistrimit

7372 2018.06.27

Status

Regjistruar

(180) Data e mbarimit të afatit

2031.07.08

(20) Numri dhe Data e Depozitimit

AL/P/2018/253 2018.04.13

(40) Numri dhe Data e Publikimit

2018.07.30

(86) Data dhe Numri Ndërkombëtar i Depozitimit

11736190.7 2011.07.08

Status

Regjistruar

Data dhe Numri Ndërkombëtar i Publikimit

EP2591125 2018.04.04

(30) Detajet e Prioritetit

Kodi	ID e prioritetit
US	362778

(51) Klasat e KNP-së (IPC)

(71/73) Aplikanti

Aplikanti	Adresa
Cergentis B.V.	Yalelaan 62 3584 CM Utrecht / NL

(72) Shpikës

Emri	Adresa
VAN MIN, Max, Jan	44, Böttgerwater 2497 ZJ Den Haag , NL
DE LAAT, Wouter, Leonard	8 Uppsalalaan 3584 CT Utrecht , NL

(74) Emri i Përfaqësuesit

Emri	Adresa
Krenar LOLOCI	Rr. "Dëshmorët e 4 Shkurtit", Pall. 1/1, Kati 2, Tiranë , AL
Krenar LOLOCI	Rr. "Dëshmorët e 4 Shkurtit", Pall. 1/1, Kati 2, Tiranë , AL

(54) Titull

STRATEGJITË V3-D TË SEKUENCIMIT TË RAJONIT GJENOMIK ME INTERES

(57) Abstrakt

(58) Pretendime

Pretendim	Përshkrim
1	1. Metoda për ndërtimin e një kontigu të një rajoni gjenomik me interes që përfshin një sekuencë nukleotide të synuar, që përfshin, fragmentimin e një ADN të ndërlidhur, lidhjen e ADN të fragmentuar të ndërlidhur, kthimin e ndërlidhjes dhe përcaktimin e të paktën pjesës së sekuencave të fragmenteve të ADN të lidhura, që përfshin një fragment ADN me sekuencën nukleotide të synuar, dhe përdorimin e sekuencave të përcaktuara për ndërtimin e një kontigu të rajonit gjenomik me interes.
2	2. Metoda për ndërtimin e një kontigu të një rajoni gjenomik me interes që përfshin një sekuencë nukleotide të synuar, që përfshin hapat e: a) sigurimin e një mostre të ADN të ndërlidhur; b) fragmentimin e ADN të ndërlidhur; c) lidhjen e ADN-së të fragmentuar të ndërlidhur; d) kthimin e ndërlidhjes; e) opsionalisht fragmentimin e ADN të hapit d), në mënyrë të preferuar me një enzimë kufizuese; f) opsionalisht, lidhjen e ADN-së të fragmentuar të hapit d) ose e) te të paktën një përshtatës; g) opsionalisht dhe në mënyrë të preferuar, kopjimin e fragmenteve të ADN të lidhura të hapit d) ose e) që përfshin një fragment ADN me sekuencën nukleotide të synuar duke përdorur të paktën një bazë e cila hibridizohet në sekuencën nukleotide të synuar, ose kopjimin e fragmenteve të ADN të lidhura të hapit f) duke përdorur të paktën një bazë e cila hibridizohet në sekuencën nukleotide të synuar dhe të paktën një bazë e cila hibridizohet në të paktën një përshtatës; h) përcaktimin e të paktën pjesës së sekuencës së fragmenteve të ADN të lidhura (të kopjuara) të hapit d), e), f) ose g) që përfshin një fragment ADN me sekuencën nukleotide të synuar në mënyrë të preferuar duke përdorur sekuencim të lartë të xhiros; i) ndërtimin e një kontigu të rajonit gjenomik me interes nga sekuencat e përcaktuara.
3	3. Metoda për ndërtimin e një kontigu të një rajoni gjenomik me interes që përfshin një sekuencë nukleotide të synuar, që përfshin hapat e: a) sigurimin e një mostre të ADN të ndërlidhur; b) fragmentimin e ADN të ndërlidhur; c) lidhjen e ADN të fragmentuar të ndërlidhur; d) kthimin e ndërlidhjes; e) opsionalisht fragmentimin e ADN të hapit d), në mënyrë të preferuar me një enzimë kufizuese; f) rrethimin e ADN të hapit d) ose e); g) opsionalisht dhe në mënyrë të preferuar, kopjimin e ADN të rrethuar që përfshin një fragment ADN me sekuencën nukleotide të synuar duke përdorur në mënyrë të preferuar të paktën një bazë e cila hibridizohet në sekuencën nukleotide të synuar; h) përcaktimin e të paktën pjesës së sekuencës së fragmenteve të ADN të lidhura (të kopjuara) që përfshin një fragment ADN me nukleotide të synuar duke përdorur sekuencim të lartë të xhiros; i) ndërtimin e një kontigu të rajonit gjenomik me interes nga sekuencat e përcaktuara.
4	4. Metoda për ndërtimin e një kontigu të një rajoni gjenomik me interes sipas pretendimeve 2 ose 3, ku rajoni gjenomik me interes përfshin një ose më shumë sekuenca nukleotide të synuara gjithashtu, dhe ku në hapin e kopjimit (g) një bazë është siguruar që hibridizohet me sekuencën nukleotide të synuar dhe një ose më shumë baza janë siguruar për një ose më shumë nukleotide të synuara shtesë korresponduese, ku fragmentet e ADN të lidhura janë kopjuar, ose ADN e rrethuar është kopjuar, duke përdorur bazat.
5	5. Metoda sipas çdonjërit prej pretendimeve 2-4, ku hapi i fragmentimit b) përfshin sonikacion, pasuar nga riparimi enzimatik i fundit të ADN.
6	6. Metoda sipas çdonjërit prej pretendimeve 2-4, ku hapi i fragmentimit b) përfshin fragmentimin me një enzimë kufizuese.
7	7. Metoda sipas pretendimit 5 ose 6, ku hapi i lidhjes c) është kryer në prani të një përshtatësi, duke lidhur sekuencat përshtatëse në mes të fragmenteve.
8	8. Metoda sipas pretendimit 6 ose 7, ku në hapin b) një numër nënmostrash është përpunuar, dhe për çdo nënmostër janë përdorur enzima kufizuese me vende të ndryshme të njohjes.
9	9. Metoda sipas pretendimit 8, ku hapi i fragmentimit e) përfshin një enzimë kufizuese me një sekuencë njohje e cila është më e gjatë se sekuenca e njohjes e enzimës kufizuese të hapit b).
10	10. Metoda sipas çdonjërit prej pretendimeve të mëparshme, ku sekuencat e rajoneve të shumta gjenomike me interes janë përcaktuar.
11	11. Metoda sipas çdonjërit prej pretendimeve 2-10, ku para ose pas hapit të kopjimit g) një hap i përzgjedhjes së madhësisë është kryer, ku në mënyrë të preferuar, - hapi i përzgjedhjes së madhësisë është kryer duke përdorur kromatografinë me ekstraktim xheli, xhel elektroforezën ose centrifugimin me gradient të densitetit; dhe/ose, - ADN është zgjedhur nga një madhësi mes 20-20,0000 çifte bazash, në mënyrë të preferuar 50-10,0000 çifte bazash, më shumë në mënyrë të preferuar mes 100-3,000 çifte bazash.
12	12. Metoda sipas çdonjërit prej pretendimeve të mëparshme, ku fragmentet e lidhura (të kopjuara) të ADN që përfshijnë sekuencën nukleotide të synuar janë kapur me një sondë kapëse për të ndarë fragmentet e lidhura (të kopjuara) të ADN që përfshijnë sekuencën nukleotide të synuar nga fragmentet e lidhura (të kopjuara) të ADN që nuk përfshijnë sekuencën nukleotide të synuar.
13	13. Metoda sipas pretendimit 12, ku sonda të shumta kapëse janë përdorur për sekuenca nukleotide të synuara të shumta.
14	14. Metoda sipas çdonjërit prej pretendimeve 2-13, ku në rast se ploiditeti në një qelizë të një rajoni gjenomik me interes është më i madh se 1, për çdo ploiditet një kontig është ndërtuar në hapin i).
15	15. Metoda sipas çdonjërit prej pretendimeve 2-13, ku hapi i) i ndërtimit të një kontigu përfshin hapat e: 1) identifikimin e fragmenteve të ADN të hapit b); 2) caktimin e fragmenteve të ADN në një rajon gjenomik; 3) ndërtimin e një kontigu për rajonin gjenomik.
16	16. Metoda sipas pretendimit 15, ku hapi 2) i caktimit të fragmenteve në një rajon gjenomik përfshin identifikimin e produkteve të ndryshme të lidhjes së hapit f) dhe bashkimin e produkteve të ndryshme të lidhjes në fragmentet e identifikuara.
17	17. Metoda sipas çdonjërit prej pretendimeve 2-16, ku hapi i ndërtimit të një kontigu që përfshin përafrimin e sekuencave të përcaktuara të fragmenteve të ADN të hapit b) te një sekuencë referencë.